En lo que respecta al mantenimiento mayor de aeronaves la FAA dispone de dos unidades enteramente dedicadas a estos fines, el Área Material Río Cuarto (ARMACUAR), en la ciudad de Río Cuarto, Córdoba, donde se efectúa el mantenimiento de O/A-4AR y EMB-312A Tucano. Esta unidad posee el Departamento de Análisis Operativo (DAO) para mantener operativo el software de los O/A-4AR, contando para tal fin con un laboratorio de ensayos donde se prueban modificaciones a introducir en el software de los sistemas de estas aeronaves, que posteriormente son probadas en vuelo.
También cuenta con el Centro de Ensayos de Armamento y Sistemas Operativos (CEASO) que empleando A-4AR evalúa distintas modificaciones y armamento a implementar en estas aeronaves. Cuenta con una Sección de la ROA.
Dentro de su predio funciona el Instituto Provincial de Educación Técnica N° 258 Mayor Ingeniero Francisco de Arteaga (IPET N° 258).
En la ciudad de Quilmes, Buenos Aires, se encuentra el Área de Material Quilmes, (ARMAQUIL), allí se mantiene el instrumental y distintos componentes de aeronaves, también se efectúa el mantenimiento mayor de Bell 212, Hughes 500 y DHC-6 Twin Otter, estando certificada por Viking Air Limited para efectuar la modernización de estas aeronaves, proceso que se encuentra llevando a cabo en la flota de la FAA y el Ejército Argentino. Esta unidad también aloja a la Escuela Técnica N° 7 Taller Regional Quilmes.
FAdeA
Aunque no pertenece a la FAA la Fábrica Argentina de Aviones “Brigadier San Martín” S. A. (FAdeA), ubicada en la ciudad de Córdoba, se encarga de realizar el mantenimiento mayor y modernización de EMB-312A Tucano, C-130 Hercules, F-27, F-28, Grob 120 TP, IA-63 Pampa e IA-58 Pucará.
Dirección General de Investigación y Desarrollo
La Dirección General de Investigación y Desarrollo (DIGID), es un organismo que se encarga de efectuar el desarrollo de distintos proyectos en el área espacial, aviónica, guerra electrónica, simulación, comando y control, armamento, energías alternativas, sistemas de ayuda a la navegación, medicina aeronáutica, legislación. También opera un reducido grupo de UAV Yarará construidos por la firma local Nostromo.
Centro de Ensayos en Vuelo
De la DIGID depende el Centro de Ensayos en Vuelo (CEV), está en la ciudad de Córdoba y posee aeronaves, Cessna 180, T-34 Mentor, IA-58 Pucará e IA-63 Pampa, diversos elementos de medición de parámetros en vuelo y filmación, además de un centro de recepción de parámetros de las aeronaves que efectúan las pruebas. Participan activamente en las fases de prueba de los desarrollos de FAdeA y en las modificaciones de instrumental y estructurales y armamento de las aeronaves que se encuentran en servicio en la FAA.
También depende de la DIGID el CEASO cuyas funciones se describieron anteriormente.
